同じ場所に同じ野菜や同じ科の野菜を続けて栽培することで発生する障害を、「連作障害」といいます。根の周辺に、その野菜を好む病原菌やセンチュウが増えることが主な原因です（図）。そのほか、特定の養分の過不足、その野菜の根から出る生育阻害（アレロパシー）物質も原因となります。
左図：健全な土壌では、根の周りにさまざまな種類の微生物がいる。病原菌もいるが、多様性が保たれていれば、特定の微生物だけが増えることはない。
右図：植物は、根から微生物のエサとなる物質を分泌している。連作によって、その野菜の分泌物を好む特定の病原菌が増えると、土壌病害が発生する。
〇どのように連作障害を防ぐか？
・計画的に作付けし、特定の病害虫を増やさない
連作をせず、科も考慮して計画的に作付けることが大切です。連作障害の出やすい野菜と出にくい野菜があるので、野菜ごとの休閑年数（次の作付けまで間を空ける期間）を参考に作付けするとよいでしょう（表）。
特に連作障害が発生しやすいサヤエンドウやソラマメ、ショウガ、ナス、トマトなどは、休閑期間を長くとることが必要です。
・接ぎ木苗を使う
土壌病害に抵抗性を持つ台木に接ぎ木をすると、連作ができるようになります。ウリ科の野菜は、連作するとつる割病が発生しますが、スイカはユウガオ、キュウリはカボチャを台木にして接ぎ木をすると被害を回避できます（写真1）。
・太陽熱消毒をする
太陽熱消毒は、夏季に土壌水分が十分ある状態で透明フィルムを20〜30日間被覆し、地温を30℃以上に高め、土壌中の病原菌や害虫を死滅させるものです（写真2）。処理時期は、梅雨明け後から1ヵ月間がベストですが、5月から9月の間であればある程度の効果が得られます。フィルム被覆前に、微生物のエサとなる米ぬかなどを施用すれば、防除効果が高まります。
・緑肥作物の作付け、堆肥を施用する
緑肥作物（土壌改良のため、収穫せずに土にすき込む作物のこと）の作付けや堆肥を施用することも土壌中の微生物を豊富にし、土壌病害の発生を抑制します。
